O Museu Municipal Prof. Joaquim Vermelho está instalado num edifício construído no séc. XIII/XIV, o qual, ao longo dos anos, foi sofrendo algumas reformas de modo a se adaptar ás várias funções que ali abrigou - Hospício de Caridade, a Escola Régia, a Escola Primária Masculina e a Industrial e Comercial.

A ideia da criação deste museu remonta ao séc. XIX e partiu do Presidente da Câmara da altura, Sr. Deville. Após a sua ideia ser aprovada em sessão camarária, o Museu é inaugurado a 2 de Maio de 1880 ficando instalado num anexo da Biblioteca.

Com o passar dos anos vão sendo adquiridas e doadas novas peças, nomeadamente bonecos típicos de Estremoz da Escola Industrial, peças de arte sacra, mobiliário e faiança do Antiquário Chambel, e uma colecção de barrística de Estremoz pertencente ao Eng. Júlio Maria dos Reis Pereira, e o espaço torna-se pequeno para todo o espólio. É então que, em 1972, o Museu vem ocupar o edifício onde permanece até hoje. 

Após esta mudança, e com mais espaço, o museu melhora a sua acção e em 1979, em colaboração com o Serviço Nacional de Parques, criam uma oficina no pátio para onde vão trabalhar os barristas Irmãos Ginjas.
No ano de 2003 o Museu passa a chamar-se por “Museu Municipal Prof. Joaquim Vermelho” como forma de homenagem ao homem que tanto impulsionou a sua acção.

Tendo em conta a tipologia de artesanato do concelho o museu aderiu em 2005 à Rede Nacional de Cerâmicas. Em 2006 foi fundador da Rede de Museus do Concelho de Estremoz.